A história começa com Lukas narrando uma novela a ser concluída sobre Jesse e as aventuras perigosas de seus amigos, incluindo sua imensa popularidade. Como conclui Lukas, Jesse, Axel e Olivia fornecem críticas críticas sobre o romance, e Lukas concorda que algumas áreas podem ser melhoradas. Radar, assistente de Jesse, aparece depois. Os cinco então deixam o palácio da Ordem e seguem seus caminhos separados para se preparar para várias celebrações do Dia do Fundamento, enquanto o Radar fica com Jesse e o ajuda com várias tarefas em Beacontown de escolha do jogador, como fazer uma estátua para Nell e escolher qual Porco deve ser usado para representar Reuben para um flutuador. Depois de completá-los, Jesse dirige-se para as minas para encontrar Petra e coloca o Radar no comando por enquanto.
Nas minas, Jesse conhece Petra e ambos lutam contra alguns zumbis. Petra então jura Jesse através do moinho para encontrar um "monstro misterioso", que acaba por ser um lama (mais tarde se chamou Lluna). Ambos, eventualmente, capturam o lama, mas também conseguem encontrar uma luva estranha em cima de uma pirâmide que sussurra o nome de Jesse. A pirâmide que estão em pé colapsa e revela um poço sem fundo. Agindo rapidamente, Jesse e Petra fecham o poço e escapam através de um buraco. Na superfície, Jesse deixa um sinal com um aviso de escolha do jogador, e os dois se dirigem para Champion City para trazer de volta o lama para Stella, em troca da espada de ouro de Petra.
Na Champion City, os dois se encontram com Stella e voltam a chamar a lâmina. Stella então informa a Petra que a "aventura" foi uma farsa e que ela mora na Cidade dos Campeões agora, muito para o desgosto de Jesse. Os dois (Jesse e Petra) sentem que a única maneira de romper é "roubar" a espada dourada, e eles fazem isso, lutando contra os guardas do corpo ou entrando furtivamente através do canil do cachorrinho. Os dois então dirigem-se ao quarto do tesouro de Stella, apenas para notar que a espada dourada de Petra está faltando. Stella assombra-se, aceita a "derrota" e dá a Petra de volta sua espada. Ao sair, Stella informa que esse encontro foi um dia importante em sua "rivalidade".
No caminho de volta para Beacontown, o poço que Jesse e Petra cobriram explodiu e vomitou enxaguadores carregados, mas os dois lutaram com facilidade antes de encobri-lo mais uma vez. Os dois então seguem direto para Beacontown para se encontrar com Jack, um ex-caçador de tesouros bem conhecido, em seu empório em Bad Luck Alley. Jack fala com Jesse sobre a luva, e também os apresenta para Nurm, a mão direita de Jack na criação de mapas. Jack primeiro se recusa a ajudá-los, mas eventualmente aceita sua oferta. Os quatro então conseguem alguma armadura do palácio da Ordem (enquanto fazem o melhor para ignorar o balbuciar do Radar sobre os preparativos do Dia da Fundação), e o jogador pode escolher se deve ou não colocar o Radar como líder interino enquanto estiverem ausentes.
No caminho para o templo do oceano, Jack informa que o monumento do oceano é administrado por uma criatura conhecida como "o administrador", que interpreta suas próprias regras. Desconsiderando-o, os quatro então se acomodam em capacetes de água, nadam para o monumento do oceano e dirigem-se para dentro. Dentro deles encontram alguns guardiões mais velhos e matam com facilidade. Jesse então completa um quadro de porta, liberando Vos simultaneamente. Jack está surpreso ao ver Vos vivo, e os cinco o fazem dentro da parte principal do templo. Eventualmente, os cinco encontram os dois blocos de estrutura (o jogador só pode escolher um dos dois), e lutar contra vários Heckmouths, incluindo "o Admin". O jogador pode escolher se quer ajudar a Petra ou Jack, e os cinco quase não conseguem sair vivo. De volta a Beacontown, Jesse fecha o poço com o bloco de estrutura e os cinco celebram o Dia da Fundação. Assim como as comemorações estão prestes a começar, "o Admin" vai atrás de Jesse e promete demolidá-lo.
Em uma cena de pós-créditos, Lukas está escrevendo o romance quando ele vê o "Admin" para Beacontown. Ele rapidamente se encaixa e anda em seu cavalo em direção a Beacontown.