Um dos portais leva os quatro (Jesse, Petra, Ivor e Lukas) a um bioma da Mesa. De lá, Jesse e Petra encontram um suposto "super zumbi" e matam. Depois disso, vários "super zombies" se aproximam do grupo, indicando que Jesse, Lukas, Ivor e Petra devem segui-los. Os "super zumbis", em seguida, lideraram os quatro para Crown Mesa, uma cidade invadida por pessoas insensatas com chips vermelhos nas costas de suas cabeças. Jesse então enfrenta Harper, que acredita estar por trás de tudo isso, mas ela escapa, e os quatro são trazidos pelos habitantes da cidade para ver o PAMA (Prototype Autonomous Management Agent), um supercomputador feito de equipamentos redstone que controla mente qualquer coisa com o Mesmos chips que os habitantes da cidade em suas cabeças (o que descreve como tornando-os "úteis").
PAMA recebe os quatro para Crown Mesa, mas descobre que os quatro não são daqui. Em seguida, eles fazem perguntas sobre como chegaram aqui e como é o mundo deles, mas torna-se "útil", de qualquer maneira, a Petra e Lukas. Assim como Jesse está prestes a ser "útil", ele / ela e Ivor podem usar um problema de matemática insolúvel, um quebra-cabeça de lógica ou um enigma para confundir PAMA e desviar o poder. Os dois escapam ao lado de Harper para o laboratório secreto. No caminho para o seu laboratório secreto, Jesse e Ivor descobrem que a água destrói as aparas usadas para controlar os capangas da PAMA. Na entrada, Jesse, Ivor e Harper são confrontados com os capangas do PAMA, que incluem Petra e Lukas. Jesse pode descompactar a Petra ou Lukas, deixando-a com água. Harper dá a Jesse uma rosa para dar a "Harry" (uma compilação inanimada com uma cabeça de zumbi e uma voz de jukebox) antes que ela seja seqüestrada por quem Jesse não descompactou.
No laboratório secreto, Jesse dá a "Harry" uma rosa, remove o gelo do coração de "Margaret", e dá uma tocha redstone para outro dos "amigos" de Harper. <! - o nome real deste "amigo" é Não mencionado em qualquer lugar. Por favor, não especule sobre tais -> Isso permite que Jesse use um fone de ouvido para controlar um dos capangas do PAMA, mas também migrar para outro se ele / ela for cercado. Isso é usado para impedir que Harper seja "útil". Harper então diz a Jesse para ir ao núcleo central do PAMA e remover o Redstone Heart antes que ela seja levada pelos senhores da PAMA. Os três (Jesse, Petra / Lukas e Ivor) seguem em direção ao núcleo central da PAMA.
Dentro do núcleo, PAMA confronta Jesse com seus capangas, mas eles são mortos com facilidade. Jesse então dowses água nos blocos redstone conectados ao coração para detê-lo. Assim como Jesse está prestes a remover o Redstone Heart, ele / ela é confrontado por Petra / Lukas (a pessoa que você deixou chipped mais cedo), mas Jesse luta contra ele e ele é capaz de remover o Redstone Heart, efetivamente encerrando o PAMA E liberando seus capangas de seu controle. O grupo então comemora com as pessoas da Crown Mesa antes de voltar para a sala do portal.
Na sala do portal, Harper conta aos quatro que ela e alguns outros fizeram um atlas para traçar rotas entre os mundos do portal. Ela diz que não tem isso, mas conhece alguém que faz e revela um lance de escadas.